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2023 年

时间线上 2023 年的 14 条记录,从新到旧。每条都回到原文核对。 完整时间线(可筛选) →

Coscientist 规划并执行化学实验

发生了什么:基于 GPT-4 的多智能体系统检索资料、规划反应、编写控制代码并操作云实验室。

为什么重要:大语言模型从科学文本界面变成真实实验工作流的编排器。

验证与部署Nature ↗在时间线上 →

FunSearch 把语言模型生成与可执行评价器连接起来

发生了什么:系统用自动评价器筛选并演化语言模型生成的程序,既找到新的 cap-set 构造,也改进了装箱启发式算法。

为什么重要:一种可复用的发现模式开始成形:当错误想法能被执行过程低成本、客观地淘汰,模型就可以更大规模地搜索。

研究Google DeepMind ↗在时间线上 →

Atomic AI 的 ATOM-1 预印本:用公司自己测出的化学图谱数据训练的 RNA 模型

发生了什么:Raphael Townshend 团队用公司内部测得的化学图谱数据训练该模型,摘要称覆盖数百万条 RNA 序列。在其嵌入之上接小型探针网络,加少量数据就在 RNA 预测任务上达到最优精度。

为什么重要:创业公司自己测训练数据,是这个模型真正的优势。摘要没有点名基准,领先多少无从核对,也没有任何设计出的 RNA 在实验室里测过。

作者 Nicholas Boyd、Raphael J. L. Townshend

研究bioRxiv ↗在时间线上 →

GNoME 扩大计算预测的稳定材料空间

发生了什么:DeepMind 报告 220 万个候选晶体结构,其中 38 万个进入被认为最稳定的集合。

为什么重要:材料筛选进入工业级规模,同时也让“什么才算发现一种材料”的争论更加尖锐。

证据与边界:加州大学圣塔芭芭拉分校的 Anthony Cheetham 与 Ram Seshadri 2024 年在《材料化学》上抽查了一批随机选出的预测,认为几乎没有证据表明其中有同时新颖、可信、有用的化合物。许多预测把相近的离子放在不同晶位上,而真实合成的高温会把这种有序打乱。

研究Nature ↗在时间线上 →

A-Lab 闭合材料合成实验循环

发生了什么:自主实验室在 17 天内运行 353 次实验,实现 57 个目标无机材料中的 36 个。

为什么重要:预测、文献配方、机器人、测量与主动学习第一次被连接成一个物理闭环。

证据与边界:Josh Leeman、Leslie Schoop、Robert Palgrave 等人 2024 年在 PRX Energy 上逐一复查了全部 43 个产物,结论是没有做出新材料:X 射线图谱的自动拟合并不可靠,预测也常常忽略元素共占晶位的无序情形。作者 2026 年的更正删去了“新”字,确认 40 个合成中的 36 个。

验证与部署Nature ↗在时间线上 →

Generate:Biomedicines 发表 Chroma:一个按条件生成新蛋白结构和序列的扩散模型,并在实验室里做出 310 个设计

发生了什么:公司的 John B. Ingraham、Gevorg Grigoryan 等人介绍了一个可用对称性、目标形状、蛋白类别或文字提示来引导的生成模型。他们在大肠杆菌中表达了 268 个无条件设计和 42 个有条件设计,事先没有用结构预测筛选。首批 172 个无条件设计在混池溶解度筛选中得分全部高于阴性对照,蛋白印迹确认了前 20 名中的 19 个。两个晶体结构与设计吻合到约 1 Å。代码以 Apache 2.0 许可开放。

为什么重要:记录里已有 Generate 的上市、进入三期的哮喘抗体和几笔合作,却没有它最主要的公开方法。Chroma 把设计条件直接放进采样过程,一个模型就能接受对称性、形状或文字提示,不必每种条件各用一个工具;代码公开,别人可以自己检验。

证据与边界:测到的是设计能表达、能折叠、与模型吻合;没有一个设计被测试过功能。所有作者都是公司员工,纯化了七个设计,解出两个晶体结构。

作者 John B. Ingraham、Gevorg Grigoryan

研究Nature ↗在时间线上 →

GraphCast 在大部分指标上超过领先物理天气系统

发生了什么:图神经网络在 1380 个验证目标中的九成以上超过 ECMWF HRES,并在一分钟内生成十日预报。

为什么重要:学习式预报在成熟且持续接受现实检验的评测体系中证明了竞争力。

验证与部署Science ↗在时间线上 →

Magnitude Biosciences 的相机阵列用 7 天就读出一种药在线虫身上的抗衰老效果,旁边并行的寿命实验用了 40 天

发生了什么:杜伦大学与 Magnitude 的 Giulia Zavagno、Christopher Saunter、David Weinkove 介绍了 WormGazer:一组固定相机同时拍摄多个标准培养皿,皿和相机都不动,统计有多少线虫在动、动得多快。与手工寿命实验并行,每种条件每种方法 390 条虫:成像 7 天就看出三个剂量的磺胺甲噁唑都比对照改善健康期;寿命那组用了 40 天,平均存活 20、21、21 天,对照组 18 天。长寿突变体 age-1 在第 2 至 7 天的活动时间比野生型多 93.5%。

为什么重要:这是本站融资板上「用成像和机器学习读取线虫」那家公司已发表的方法,而论文里没有机器学习:移动是靠阈值判断相邻两帧哪些像素变了,再以 10 微米/秒为界去噪。它买到的是时间:一周得到健康期读数,而不是六周得到一条存活曲线,而这项对比由作者自己完成,其中两人是该公司的股东和董事。

作者 Giulia Zavagno、David Weinkove

基础设施GeroScience ↗在时间线上 →

FutureHouse 成立,目标是构建 AI Scientist

发生了什么:这家由 Schmidt 支持的非营利研究机构开始构建科学智能体,初期聚焦生物学和科学文献。

为什么重要:科学智能体从附属项目变成一家专门研究机构的核心使命。

组织FutureHouse ↗在时间线上 →

AlphaMissense 绘制 7100 万种人类错义变异

发生了什么:模型将大多数可能的错义变异分类为可能良性或致病,远超此前经实验解释的有限集合。

为什么重要:源自 AlphaFold 的表示能力从结构预测进入基因组解释和疾病研究。

研究Science ↗在时间线上 →

RFdiffusion 将蛋白质结构预测推进到蛋白质设计

发生了什么:扩散模型生成新的蛋白质骨架,并对数百个设计进行实验表征。

为什么重要:核心问题从“这段序列是什么结构”转向“我们希望什么样的序列和结构存在”。

研究Nature ↗在时间线上 →

盘古气象大模型挑战传统全球天气预报

发生了什么:华为的三维神经网络在测试中优于 ECMWF 业务系统的确定性预报,运行速度提高一万倍以上。

为什么重要:一个拥有成熟业务评测体系的科学领域,成为生命科学之外最清晰的 AI4S 试验场。

研究Nature ↗在时间线上 →

AlphaDev 发现的排序算法进入 C++ 标准库

发生了什么:强化学习找到更快的底层排序程序,并被加入 LLVM 的 libc++ 实现。

为什么重要:AI 发现的算法从论文进入被大规模开发者使用的基础设施。

验证与部署Nature ↗在时间线上 →

Google 将 Brain 与 DeepMind 合并为 Google DeepMind

发生了什么:Demis Hassabis 领导合并后的部门,Jeff Dean 出任 Google 首席科学家。

为什么重要:人才、算力和模型研发被集中到同一组织,其中也包括多条关键 AI4S 项目线。

组织Google ↗在时间线上 →