判断一个生物模型的说法,可以先问它加数据会不会变好
他的标准不在某一个分数上,而在曲线:加数据、加算力,性能是继续涨还是平台期。按这个问法,“我们又测了一种新模态”和“我们的模型随规模变强”是两类说法。他自己只给 AlphaFold 发了及格,其余都归到平台期一侧,这是他的判断,访谈里没有给出比较的口径。


AI FOR SCIENCE · 访谈
Nguyen 说,公开的 DNA 比互联网上所有文字还多,而今天用在生物数据上的模型“强不过线性回归”,所以瓶颈在建模这一侧,不在再去采数据。他还说设计和防御必须放在一家公司里:能写 DNA 的模型会压低做出危险东西的门槛,做防御的人因此得站在设计的前沿。
访谈给出记录里没有的几件事:Evo 2 的防护措施是删掉能感染人的真核病毒,而细菌病原体的基因和蛋白仍在训练库里;公司本想把病原体检测做成公开 API,生物安全专家劝住了,因为一个“危险与否”的答案就是攻击方可用的奖励信号;现在的做法是先给美国政府方面的伙伴;湿实验先外包给 CRO,自建实验室“很快”就做;以及 Greg Brockman 为 Evo 2 休了四个月假来做这件事。他还第一次在记录外讲了 Omnii 复现阿尔茨海默病结论的经过。
全程是他的说法,没有新的数字、评测或论文。他讲的阿尔茨海默病复现和公司自己 6 月那篇文章对不上:他说的是“哪些基因最可能致病”,文章做的是在九个位点里挑出真正起作用的变异;他说靠中训练和后训练把知识引出来,文章说那九个位点的结果是只看序列得出的。“公开 DNA 比全网文字还多”“除 AlphaFold 外都强不过线性回归”都没有给出处和衡量口径,本页也没有核。自建湿实验室没有日期。
他说大多数生物 AI 一次只做一个模态或一个专科,蛋白质结构预测是其中最成功的一支;Radical 想做的是一个系统同时读 DNA、RNA、蛋白质、表观组和代谢组。理由有两层:信息上,造一个生物体所需的东西都在 DNA 里;实际上,直接从 DNA 推到所有性质“可能算不出来”,而其他模态是现成的捷径,等于把物理世界的结果印了下来,比如 DNA 的三维结构能直接告诉模型两个相隔上百万字母的位点其实挨在一起。他把这些模态比作定位时的多个传感器:没有哪一个准,要一起用来确定真实位置。
他说公开数据的量不是问题:单看 DNA 就是“互联网规模”,比网上所有文字还多,按原始 token 算是“高出几个数量级”;把其他组学加上会更多。问题是用在这些数据上的模型,他说除 AlphaFold 之外基本都“强不过线性回归或逻辑回归”,加数据加算力就平台期。所以 Radical 先攻建模和预训练这一段:把现有公开数据榨干,把昂贵的、有临床价值的标注数据留给后训练。他说靠自己生成监督数据来绕开弱模型,是会把公司拖垮的做法。
“I agree that there's a data problem, but my hot take is there's not a lack of data. There's too much data in bio.”Eric Nguyen他说前沿实验室现在做科学的方式是用自然语言推理,像人那样编排,真要处理原始数据时再去调用生物信息学工具和专门模型,因为原始科学数据的人工标注稀少得多。在他看来,靠读教科书、期刊和实验记录来学科学是有上限的,更多的事实还留在没人写进论文的原始数据里;他认为前沿实验室迟早会算出直接在科学数据上训练更划算。他的博士期间就在做这件事,并说语言模型在他眼里是一台新的显微镜。
“It's reading about humans doing science versus doing the science itself.”Eric Nguyen他把能力分成读和写:读 DNA 做预测相对容易,生成和写入更难。所以先做的是解释基因组,帮药企判断该往哪个靶点和哪种病投研发经费,以及癌症检测与诊断;给一段 DNA 判断它的性质和致病性,同一套东西也用在生物防御上,他说这天然是 API 生意。公司因此同时开着制药与药物发现、诊断、合成生物学和生物防御四个方向,他说没有哪家公司会同时做这四件事,并把路径比作前沿实验室:先给出通用工具,看用户把它用在哪里,再往下纵深。
他同意验证是瓶颈,并说这会是瓶颈一段时间。现在的做法是大量合作:常规实验外包给 CRO,特殊的留在内部;他说因为建模一侧跑得比预期快,自建湿实验室的时间表在提前,“很快”就会做。另一条绕路是回溯验证:拿已经发表的结果,看模型能不能独立得到同样的结论,他把这当作走向真实湿实验的桥。他举的例子是 Omnii 预览里的阿尔茨海默病部分:一篇论文花了两年的湿实验去确定哪些基因最致病,他说一个刚入职几天的同事用 Omnii 大约两天就复现了同一个排序。
Evo 和 Evo 2 时他们还是博士生,默认开源,防护措施是把能感染人的真核病毒从训练数据里删掉;他说这只是一类防护,细菌病原体的基因和蛋白技术上仍在库里。他的论点是:有能力改写生命底层的模型必然压低做危险东西的门槛,数据放在模型外面也挡不住,所以同一家公司要同时推设计和防御,做防御的人必须懂前沿的设计能力,否则不知道要防什么。公司现在对模型的访问方式更谨慎,他说当下的平衡是先让美国政府方面的伙伴拿到防御能力。
“If you're going to build models with such capabilities to control the substrate of life, you're going to lower the barrier to making dangerous things.”Eric Nguyen这四步都出自他本人的叙述,没有第三方说明,也没有哪个伙伴被点名。
时间线记录的 5000 万美元种子轮(2026-06-15)说钱用于更大的模型、更多研究人员和算力,两项早期合作都没点名(一家癌症检测公司、一个做病原体检测的美国国家实验室),收入方式按 CEO 的话还没想清楚。
他把要卖的东西排了序:先做读的任务,帮药企选靶点和适应症,加上癌症检测与诊断,以及判断一段 DNA 致病性的生物防御接口,他说这天然是 API 生意;写入和做药放在模态变多之后。伙伴和价格仍然没有。
时间线记录的 Omnii 预览(2026-06-15)写的是公司自己跑出来的基准:ClinVar 非编码单字母变异 AUROC 0.975,对 CADD 的 0.909 和 Evo 2 40B 的 0.911,另有拷贝数变异和 TraitGym 的分数,以及一个设计方法和注意力图。那条没有写 9 个位点那组实验。
他讲的是那组实验的来历:一篇论文用两年湿实验确定哪些基因最致病,一个刚入职几天的同事用 Omnii 约两天复现了同一个排序,而模型没见过阿尔茨海默病的标注。公司 6 月那篇文章写的是另一件事:在人诱导多能干细胞来源的微胶细胞大规模报告基因实验里,九个位点上统计学挑出的首位变异都不是真正起作用的那个,Omnii 每次都把起作用的变异排进前三、六次排第一,CADD 从第一到第十六不等,而且写明这一步只看序列。
时间线记录的 Evo 2(2026-03-04)是开放基础模型:约 9 万亿碱基对、100 万 token 上下文。那条没有写训练集里剔掉了什么,也没有写这支团队怎么决定发布。
他说当时的防护是删掉能感染人的真核病毒,细菌病原体的基因和蛋白仍在库里;Greg Brockman 为 Evo 2 休了四个月假和他们一起做;现在公司对访问更谨慎,先给美国政府方面的伙伴,而不是公开发布。
时间线上没有那个噬菌体基因组的条目:另一个团队用 Evo 生成完整噬菌体基因组并合成出有功能的病毒这件事,只在 2026-09-23 的评论里出现过,而那是这期之后的事。
他把这件事称作公司的转折点,并说正是它让团队决定一边做设计一边做防御。他没有点名那个团队,也没有给日期。
他的标准不在某一个分数上,而在曲线:加数据、加算力,性能是继续涨还是平台期。按这个问法,“我们又测了一种新模态”和“我们的模型随规模变强”是两类说法。他自己只给 AlphaFold 发了及格,其余都归到平台期一侧,这是他的判断,访谈里没有给出比较的口径。
他的路线是先卖解释基因组和检测,再谈做药,靠的是 API 和为药企调校的模型,而不是自己把一款药带到临床。这和过去唯一被证明过的生物科技路径(纵深做药、一直做到临床试验)是两种公司形状,他说这是公司的赌注。对读者的意义是,接下来可验证的是合同和部署,而不是一条管线。
他的论证把闸门从模型挪到了发布:数据删了也挡不住,检测器本身还能当验证器,所以能问的是谁拿到了什么、按什么核查、谁来核查。这也是可追踪的部分:防御侧有没有一个点名的部署,比一份能力声明更容易核实。这是我们的读法,不是他列的清单。
Omnii 是他们这一代的基因组语言模型,以 DNA 为基础,再吃进其他生物语境。
当前系统
他的描述;公司 6 月的预览文章说的是 DNA 加保守性轨道、200 万碱基上下文。
一个系统同时学 DNA、RNA、蛋白质、表观组和代谢组,他说生物学里有几十种模态,这是“终极的多模态问题”。
目标
他说这是公司要攻的能力,没有说哪几种模态已经进了模型。
除 AlphaFold 之外,用在生物数据上的模型“强不过线性回归或逻辑回归”,加数据加算力就平台期。
受访者判断
他的判断,没有点名模型,也没有给比较口径。
公开的 DNA 比互联网上所有文字还多,按原始 token 算高出几个数量级;加上其他组学更多。
行业背景
他没有给出处或统计方式,本页没有核。
人类基因组约 1.5% 到 2% 编码蛋白,其余主要是调控部分;30 亿个字母相当于 3 万本书。
行业背景
前半是领域常识,后面的书本换算是他自己的比法。
一位刚入职几天的同事用 Omnii 约两天复现了一篇论文两年湿实验得到的致病基因排序,而模型没见过阿尔茨海默病标注。
公司自述
只有他的口述。公司 6 月的文章讲的是九个位点上挑出起作用的变异(前三全中、六次第一,CADD 第一到第十六),而且说那一步只看序列;他说的是基因排序,还说靠中训练和后训练把知识引出来。被复现的那篇 medRxiv 论文本页没有读。
Evo 和 Evo 2 的防护是从训练数据里删掉能感染人的真核病毒;细菌病原体的基因和蛋白技术上仍在库里。
公司自述
他本人说的;他还说这类防护挡不住所有危险序列。
常规湿实验外包给 CRO,特殊的留在内部;他说自建湿实验室的时间在提前,“很快”会有。
目标
没有日期、地点或规模。
现在的访问安排是先让美国政府方面的伙伴拿到防御能力,不再像 Evo 2 那样公开发布。
当前系统
他的说法,没有点名机构、合同或日期。
怎么同时放出设计和防御两种能力还没有定论;公司本想做的公开病原体检测 API 被生物安全专家劝停,理由是是非判断等于奖励信号。
尚未闭环
他说这不是一次定下来的事,会随能力变化再调;没有点名专家。
他说政府方面对生物风险“谈得多、动作少”,前沿实验室近来更上心,国会方面有人在接触。
受访者判断
他的判断,自称乐观派;没有点名法案、机构或会面。
Greg Brockman 为 Evo 2 休了四个月假和团队一起做;微软首席科学官 Eric Horvitz 是公司顾问。
行业背景
两条都出自他口;顾问这条和公司 About 页的顾问名单一致(2026-11-01 读),休假这条本页没有另找来源。
阿尔茨海默病那次复现有没有被写出来:被复现的论文、模型给出的排序、以及两者怎么比。
会表现为 一篇论文或文章,点名那项研究,给出模型的排序和打分方式,并说明用的是基因还是变异。仍未解决 公司 10 月 20 日那批文章里没有这一项;6 月那篇写的是九个位点的变异挑选,只看序列。公司有没有自己的湿实验室,以及在那里测什么、谁来测。
会表现为 公司说明实验室的位置、做哪些实验,以及哪些仍然外包给 CRO。仍未解决 10 月 20 日那批文章里,抗体三轮设计由 Aptamino 制造测量,稀土那组由劳伦斯利弗莫尔做板上检测,都是伙伴的实验室;没有公开材料说公司自己的湿实验室。防御侧有没有一个点名的部署:谁在用病原体筛查模型,访问按什么核查。
会表现为 公司或机构自己说明部署:用的是哪套模型、谁能调用、核查谁做。仍未解决 10 月 20 日那批文章讲的是设计和预测(噬菌体、抗体、调控变异、稀土蛋白),没有一项是部署中的筛查工具;公司 About 页只留了一个生物防御联系地址。多模态融合有没有变成可测的结果:一个模型在 DNA 之外的任务上,和专做那一模态的模型并排比较。
会表现为 留出的测试集、与模态专用模型的比较,以及实验室测量而非只有预测。部分回答 10 月 20 日:抗体序列是预训练之后才进模型的,三轮都由 Aptamino 实测,但只有一个靶点,且优势落在置信区间重叠的范围内;调控基因组那组把实验测量当输入,分数仍是公司自己跑的。生物防御和溯源这类问题有没有在一年内成为机器学习会议上的常见题目。
会表现为 ICML 或 NeurIPS 上以 DNA 溯源、水印检测或病原体筛查为题的论文或 workshop。核查日 原话:“一年以后”,他希望这些题目在 ICML 和 NeurIPS 上像视频生成一样常见后来出现的、检验或限制这次说法的证据,以及日期已过的目标。
公司报告 Omnii-1 设计的噬菌体变体经同情用药途径用在一名耐药感染患者身上,重写的是 T7 噬菌体识别大肠杆菌的尾丝蛋白一段序列。写入这一步走到了人身上,也正是他说要靠伙伴验证的那一段;但所有测量都出自公司自己,只有一名患者,病程和结果都没有披露,所以这条不检验疗效。时间线条目 →
公司和 Aptamino 做了三轮单域抗体设计,每轮由 Aptamino 制造并测量,两个设计的结合强于检测下限。抗体序列是预训练之后才加进这个基因组模型的,所以这是他说的“模态扩展”和“伙伴做湿实验”两点第一次有实测数据;但只有一个靶点,靶点身份未公开,相对其他模型的优势落在置信区间重叠处。时间线条目 →
公司报告 Omnii-1 在判断非编码 DNA 哪些变异真的起作用上,分数高于 AlphaGenome 和 Borzoi,并且能把实验测量当作输入而不只是预测它们。这正是他排在第一位的“读”的任务;分数仍是公司自己跑的,AlphaGenome 的数字是从论文里摘的,而不是并排跑的。时间线条目 →
读于 2026.11.01 读的是节目页自带的机器转写全文(Substack 的转写,带说话人姓名:Eric Nguyen 与主持人 Mario Gabriele),逐段通读。转写有约二十处几秒到几十秒的缺口,缺口处用本地 Whisper 重跑音频补齐并核对引文,其中最要紧的一段是他讲阿尔茨海默病复现的那三分钟。转写把模型名写成“Omni”,公司自己的页面写作 Omnii,本页按公司的写法。YouTube 当时对本次会话返回 429,字幕和页面都没有读到;时长和发布日期取自节目的 Substack 接口(4933.956 秒,2026-08-04)。他说的阿尔茨海默病工作对照了公司 6 月 15 日的 Omnii 预览文章全文,顾问名单对照了公司 About 页(2026-11-01 读),Lee 等人那篇 medRxiv 论文没有读。 打开原访谈 ↗The Generalist 的节目页(含完整文字稿) ↗